حضرت آیتالله خامنهای پیش از پیروزی انقلاب اسلامی ایران ساکن مشهد مقدس بودند. به دلیل همجواری این استان با کشور افغانستان و حضور طلاب افغانستانی در حوزه علمیه مشهد، ایشان پیش از تصدی مسئولیتهای رسمی پس از پیروزی انقلاب اسلامی، آشنایی کاملی با موضوعات افغانستان داشتند و همین اطلاعات، دستمایهای ارزشمند برای تصمیمگیری، مشورت و ارائه توصیه در موضوع افغانستان شد.
چندین نفر از شخصیتهای فعلی شیعه افغانستان، از جمله طلابی بودند که شاگرد حضرت آیتالله خامنهای بودند و از این طریق، ایشان در دوره جوانی با تحولات سیاسی، اجتماعی و نظامی افغانستان آشنایی پیدا کرده بودند. در زمستان سال ۱۳۵۸، آقایان حججالاسلام زاهدی و صالحی که از شاگردان ایشان بودند، خدمت معظمله رسیدند و پس از دریافت توصیههایی، در نخستین روزهای سال ۱۳۵۹ به افغانستان بازگشتند. آنان اقدام به تأسیس پایگاه مجاهدین با عنوان «امام صادق (ع)» در منطقه علاءالدینی کردند. این حوزه که در ۱۵ کیلومتری شهر غزنی قرار داشت، در ارتباط با رهنمودهای حضرت آیتالله خامنهای و با کمک سپاه، مشغول مبارزه نظامی و فرهنگی علیه اشغالگران بود. در همین زمان، در برخی دیگر از مناطق شیعهنشین، از قبیل بهسود، ارزگان و شمال کشور نیز پایگاههای نظامی در همین چارچوب توسط دیگر روحانیون و با حمایت سپاه تأسیس شد.
حضرت امام خمینی(ره) عموماً موضوعاتی را که از مراجع داخلی و خارجی درباره افغانستان به ایشان میرسید، به حضرت آیتالله خامنهای که ریاست جمهوری اسلامی ایران را بر عهده داشتند، ارجاع میدادند.
حضرت آیتالله خامنهای با تشکیل جلسات شورای عالی افغانستان در دفتر ریاست جمهوری، که با حضور وزرای امور خارجه، کشور، ارشاد، فرمانده سپاه، اطلاعات نخستوزیری و نماینده آیتالله منتظری تشکیل میشد، تحولات افغانستان در زمینه سیاست خارجی و ابعاد بینالمللی آن، امنیت داخلی، مهاجران افغانستانی و موضوعات مربوط به آنان، همچنین حمایت سیاسی، نظامی و لجستیکی از مجاهدین افغانستانی را مورد بحث، مشورت و تصمیمگیری قرار میدادند. مصوبات این جلسات توسط جناب آقای شیخالاسلام، دبیر اجرایی شورای عالی که معاون سیاسی وقت وزارت امور خارجه بود، در جلسات هماهنگی هفتگی با نمایندگان دستگاههای عضو پیگیری میشد.
رهنمودها و دیدگاههای حضرت آیتالله خامنهای، رئیس شورای عالی افغانستان، نقش اصلی و تعیینکنندهای در جهتگیری و تصمیمسازی کلان سیاستهای جمهوری اسلامی ایران در موضوع افغانستان داشت.
نقش ایشان در شکلگیری وحدت شیعیان بسیار مهم بود. اوایل سال ۱۳۶۳، به پیروی از رهنمود ایشان، وزارت امور خارجه هیأتی را به مناطق هزارجات و شمال افغانستان اعزام کرد و نظر صریح ایشان مبنی بر لزوم توقف فوری جنگ داخلی بین احزاب مجاهدین را ابلاغ و تمهیدات لازم برای همکاری بین آنان در مقابله با تجاوز اشغالگران به کار گرفته شد. تلاش این هیأت که چهار ماه به طول انجامید، پس از خاتمه جنگهای داخلی میان شیعیان، زمینه همبستگی داخلی در افغانستان و سپس ائتلاف نمایندگان احزاب در ایران را فراهم کرد. پس از چند دور تلاش که به ادغام یا اتحاد چند حزب کوچک شیعه منجر شد، در نهایت در سال ۱۳۶۶ شورای ائتلاف انقلاب اسلامی افغانستان، متشکل از هشت حزب شیعه که دفاتر آن در تهران بود، تأسیس شد. این ائتلاف نقش مهمی در پیشبرد سیاسی و بینالمللی قضیه افغانستان به نفع مجاهدین ایفا کرد و تلاش نمود با اتحاد هفتگانه مجاهدین مستقر در پیشاور، برای مبارزه با اشغالگران و تشکیل دولت مجاهدین، هماهنگیهای لازم را ایجاد کند.
حضرت آیتالله خامنهای، علیرغم دشوار بودن موضوع افغانستان و نیاز به صرف وقت فراوان برای آن، بر ایجاد جبههای قوی از مجاهدین در برابر اشغالگران اصرار داشتند و تحقق آن را، علیرغم تفاوتهای قومی و مذهبی در افغانستان، امری ممکن میدانستند.
حضرت آیتالله خامنهای برای ارتباط گروههای افغانستانی با ولایت فقیه، که خود این گروهها نیز همواره بر آن اصرار داشتند، نمایندهای تعیین کردند. این نماینده در موارد اختلاف میتوانست داور و در موارد ابهام، راهنما باشد. البته نماینده ایشان برای اداره امور یا ریاست بر این گروهها نبود.
مساعد شدن زمینه همبستگی و وحدت، همچنین کوچک شدن محدوده اختلافات احزاب افغانستانی مقیم ایران، زمینهای را فراهم کرد تا رهبران و فرماندهان مجاهدین شیعه افغانستانی در مناطق آزادشده داخل این کشور، در مراسم ارتحال امام خمینی(ره) در بامیان که چهل روز به طول انجامید، حزب وحدت اسلامی افغانستان، متشکل از احزاب و گروههای شیعه افغانستانی را تشکیل دهند.
تشکیل چنین حزب فراگیر شیعی در افغانستان، گام بزرگی بود که حضرت آیتالله خامنهای بر ضرورت آن تأکید کرده بودند و معتقد بودند همه گروهها، اعم از اهل سنت و شیعه، باید اهتمام لازم را به عمل آورند تا بر سر اصولی به توافق برسند، اختلافات مذهبی و قومی را کنار بگذارند و به پیروزی بیندیشند.
حضرت آیتالله خامنهای با توجه به شناختی که از جامعه افغانستان و قرابت فرهنگی و تاریخی دو کشور ایران و افغانستان داشتند، بر نقش فعال مردم این کشور در به دست گرفتن سرنوشت سیاسی خود تأکید داشتند و جهتگیری سیاست خارجی ایران را در همین مسیر هدایت میکردند.
ایشان در دیدار با رهبران جریانهای مختلف افغانستان، آنان را به وحدت و پیشرفت اقتصادی آن سرزمین تشویق میکردند.
حضرت آیتالله خامنهای در دیدار با آقای کرزای، رئیسجمهور افغانستان، حضور نیروهای نظامی آمریکا را همچون دارویی تلخ در تحولات آن کشور توصیف کردند و تأکید داشتند اگر دوز و مقدار این دارو از حد لازم افزایش یابد، به جای آنکه شفابخش باشد، موجب زیان و صدمه به این کشور خواهد شد. همچنین تأکید کردند که این دوران نباید طولانی شود و مردم افغانستان باید خود امور کشورشان را به دست بگیرند.
ایشان از اینکه کشور افغانستان صحنه منازعه ایران و آمریکا باشد، اکراه داشتند، اما آمریکا برعکس، محدودیتهای زیادی برای فعالیت ایران در افغانستان ایجاد میکرد.
حضرت آیتالله خامنهای بر بهرهگیری از دیپلماسی در پیشبرد سیاست کشور در افغانستان تأکید داشتند و در دهههای شصت و هفتاد، وزارت امور خارجه را مسئول اجرای تصمیمات اتخاذشده درباره افغانستان کردند و از دستگاهها میخواستند اقدامات خود را با دیدگاههای وزارت امور خارجه هماهنگ کنند.
ایشان اعتقاد عمیقی به قدرت مردم افغانستان در مقابله با بیگانگان اشغالگر، بهویژه آمریکاییها داشتند و اظهار میکردند غیرت مردم افغانستان اجازه نمیدهد تحت قیمومیت آنان باشند. حضرت آیتالله خامنهای زبان فارسی در افغانستان را میراث تمدنی این سرزمین میدانستند که با حضور مفاخر بزرگ اسلامی در این سرزمین، افتخارات بزرگی برای جهان اسلام آفریده است.
